תחום מחקר ושיטה ניסויית בביולוגיה וברפואה העוסקים ביצורים חיים שהרכב המיקרואורגניזמים בהם ידוע ומבוקר, לעיתים בתנאים סטריליים או לאחר החדרה מכוונת של מינים מוגדרים. "במעבדה לגנוטוביוטיקה מגדלים עכברים חסרי חיידקים כדי לבדוק את השפעת המיקרוביום על מערכת החיסון." "המאמר מתאר שיטות גנוטוביוטיקה לחקר יחסי הגומלין בין המאכסן לבין חיידקי המעי." "מתקן הגנוטוביוטיקה מחייב בקרה קפדנית על זיהום סביבתי."