תהליך מיקרוביאלי שבו תרכובות חנקן מחומצנות, בעיקר ניטראטים וניטריטים, מומרות לצורות גזיות וכך החנקן משתחרר מן הקרקע או מן המים אל האטמוספרה. "בתנאי חוסר חמצן בקרקע גוברת דניטריפיקציה, וזמינות החנקן לצמחים פוחתת." "החוקרים מדדו את קצב הדניטריפיקציה בביצה כדי להעריך את השפעתה על מחזור החנקן." "במערכות לטיפול בשפכים מעודדים דניטריפיקציה כדי להפחית את ריכוז הניטראטים במים."