פקודת הקומיסר (בגרמנית: Kommissarbefehl) היה צו שהוציא הפיקוד העליון של הוורמאכט ב⁻6 ביוני 1941 לפני מבצע ברברוסה. שמו הרשמי היה קווים מנחים לטיפול בקומיסרים פוליטיים (Richtlinien für die Behandlungscher Kommissare). הוא הורה לוורמאכט שכל קומיסר סובייטי שיזוהה בין החיילים השבויים יוצא להורג כי הוא אוכף את האידאולוגיה היהודית⁻בולשביסטית בכוחות הצבא האדום. היה זה אחד מסדרת צווים פליליים שהוציאה ההנהגה הנאצית, ואחת מפקודות הפיהרר. מתוך ויקיפדיה

פקודת הסמים המסוכנים, פקודת העיריות, פקודת העיתונות, פקודת הפרשנות, פקודת הקומיסר, פקודת הקרקעות (רכישה לצורכי ציבור), פקודת הרופאים, פקודת השמה, פקודת וילר⁻קוטרה, פקודת חבצלת