מטמון נחל משמר התגלה בשנת 1961, במסגרת מבצע חיפושים אחר מגילות גנוזות נוספות. בעקבות גילוי מגילות ים המלח, יצאו למדבר יהודה משלחות ארכאולוגיות רבות. אחת המשלחות בראשות פסח בר אדון, מצאה ממצאים מהתקופה הכלקוליתית במערה סמוך לראש המפל הגבוה במצוק הצפוני של נחל משמר; המערה מכונה כיום מערת המטמון. המטמון, שהיה טמון בכוך בפינה מרוחקת של מערת מגורים כלקוליתית, עטוף במחצלת, כלל 442 חפצים, מהם 429 מנחושת, ובהם שרביטים וכלי שנהב, שישה חפצים מהמטיט, אחד מאבן, חמישה מניב של היפופוטם ואחד מחט של פיל. מתוך ויקיפדיה

מערת היונים, מערת הכלבים, מערת הלל, מערת הלל ושמאי, מערת המולד, מערת המכפלה, מערת הנביאים, מערת הנחל, מערת הנחל (אל⁻ואד), מערת הנטיפים